少年三国志2的核心战斗机制是以回合制为基础，融合阵营羁绊、怒气技能、合击兵符、神兽助阵与战法搭配的深度策略卡牌战斗体系，所有机制围绕阵容协同与技能释放策略展开，决定战斗的胜负走向。
战斗采用固定回合出手顺序，我方1号位、敌方1号位依次行动，循环至战斗结束，武将每次普通攻击可恢复2点怒气，集满4点怒气即可释放专属技能，手动战斗能自由把控技能释放时机，自动战斗则按预设顺序释放。阵容搭配以阵营羁绊为核心，上阵同阵营武将可激活阶梯式属性加成，2名同阵营武将激活基础攻防增益，4至5名同阵营武将解锁高阶全属性强化，不同阵营羁绊侧重不同，魏国偏控制压制、蜀国重爆发续航、吴国善灼烧持续、群雄主高爆控场，混搭阵容虽有灵活性，但远不如纯阵营阵容的属性与技能联动收益高。
合击兵符是战斗爆发的关键机制，需特定武将组合上阵激活，通过碎片觉醒后可在战斗中使用，武将每次行动与回合结束会积累合击值，合击值达标即可释放强力合击技能，不同兵符效果差异明显，有的侧重群体伤害，有的主打控制减益，还有的能提供团队护盾与治疗，高阶兵符可缩短冷却、强化效果，部分特殊兵符能开局释放合击，抢占战斗先手优势。同时，神兽系统为战斗提供强力支援，不同神兽具备专属主动与被动效果，玄武可免疫异常、提供护盾，麒麟能群体爆发、灼烧敌方，青龙可全体治疗、解除负面，战斗中可根据敌方阵容选择合适神兽，在关键回合释放扭转局势。
战法系统进一步提升战斗策略深度，赤金、虹金等高阶战法拥有双重技能效果，既能给敌方叠加持续伤害、降低防御、控制减速等负面状态，又能为我方提供伤害加成、防御提升、暴击增强等增益，部分战法还具备反击、分摊伤害、复活队友等特殊效果，战法需搭配对应武将发挥最大效用，前排坦克适合佩戴防御反击类战法，后排输出优先选择增伤爆发类战法，辅助武将则适配治疗、增益类战法，让阵容战术定位更清晰。
站位与援军助阵机制也影响战斗走向，前排通常放置高防坦克武将承受伤害，后排安排输出、辅助与控制武将保障输出与生存，援军武将可激活上阵武将缘分，助阵武将还能额外提供全体属性加成，合理配置援军与助阵武将，可进一步强化阵容整体战力，让战斗中的属性与技能联动更全面。
